Muzium Arkeologi Agios Nikolaos terletak di utara tasik Voulismeni jalan Paleologos, 74, beberapa minit berjalan kaki dari pusat bandar ini. Muzium ini telah ditubuhkan pada tahun 1970 dan mempunyai koleksi yang kaya dengan penemuan arkeologi wilayah daripada Lasithi.

Ekspo muzium diletakkan di dalam lapan dewan pameran dan meliputi tempoh besar sejarah dari Neolitik zaman Rom. Koleksi muzium termasuk seramik, ukiran batu, patung, peralatan rumah, pelbagai artifak pengebumian, barang kemas emas, tembaga dan artifak gading dari pengebumian kanak-jarang berlaku dan banyak lagi.

Pameran yang paling menarik di muzium adalah tengkorak seorang lelaki muda, yang ditemui di tanah perkuburan Rom di Potamos berhampiran bandar. Tengkorak bermula sejak abad ke-1 dan dinobatkan dengan mahkota emas dalam bentuk daun zaitun. Di dalam mulut tengkorak ialah duit syiling perak dari Polirinia (West Crete), pelepasan itu yang telah bertarikh kepada pemerintahan Maharaja Rom Tiberius. Duit syiling, menurut tradisi lama, syarikat penerbangan itu terpaksa membayar jiwa Charon kepada Hades neraka atas sungai Styx itu.

Yang menarik adalah artifak yang ditemui semasa penggalian tanah perkuburan Minoan Aghia Fotia. Ini adalah tanah perkuburan prasejarah, yang ditemui 260 makam Minoan, merupakan tapak tapak arkeologi terbesar di Crete. Ditubuhkan pada tahun 1600 di sini pelbagai kapal yang dibuat tanpa menggunakan roda tukang periuk, dan gaya adalah sama dengan seni Cycladic.

Dibentangkan di dalam muzium dan artifak dari penempatan Minoan daripada Myrtos, antara yang paling penting adalah dianggap sebagai "Dewi Myrtos" - sebuah kapal dalam bentuk seorang tokoh wanita. Muzium ini juga mempamerkan artifak dari Minoan Istana Malia, termasuk yang menakjubkan tenggelam kapal batu dalam bentuk Triton.

Muzium Arkeologi Agios Nikolaos adalah salah satu muzium yang paling penting Crete.