Idea penciptaan Muzium Arkeologi di bandar Almeria timbul pada separuh pertama abad ke-19. Oleh 1837 yang paling dekat dengan bandar dan sekitarnya biara yang berjaya mengeluarkan 196 lukisan dan syiling purba dan batu nisan, barang kemas dan perkakas dapur, bertarikh dari tempoh pemerintahan Arab di Sepanyol. Tetapi untuk beberapa sebab-sebab yang tidak diketahui pembukaan muzium itu pada masa itu tidak berlaku. Selepas itu, banyak artifak ini dibuat koleksi muzium luar Almeria dan juga di luar negara.

Perisytiharan Republik Sepanyol Kedua adalah hakikat bahawa pada tahun 1933 di Almeria masih dibuka Muzium Arkeologi, yang ditempatkan di bangunan Institut Penyelidikan. Pengumpulan awal Muzium tinggalan arkeologi yang ditemui semasa penggalian di Almeria dan kawasan sekitarnya. Pada tahun 1934, muzium ini telah memulakan kerjasama dengan koleksi muzium lain di negara ini. Pada tahun 1979, berkaitan dengan perkembangan koleksi muzium ini telah berpindah ke bangunan, yang menempatkan Kolej Saint Mary the Virgin del Mar.

Pada tahun 1998 oleh arkitek Ignacio García Pedrosa dan Angela Garcia de Paredes telah membina sebuah bangunan baru muzium yang memenuhi keperluan moden. Bahagian dalam bangunan baru, terima kasih yang luas dan cerah untuk sistem rumit cahaya semula jadi, reka bentuk minimalis, yang jelas garis-garis geometri dan keupayaan spatial. Koleksi Muzium Arkeologi Almeria juga pameran dari zaman Paleolitik sehingga penguasaan Moor di Semenanjung Iberia.