Biara ini ditubuhkan bawah Maura Dias di 1280 untuk biarawati klarissok. Biara ini tidak bertahan lama, dan pada 1311 ia tidak lagi wujud. Pada 1316 isteri Raja Dinis I, Ratu Isabella dari Portugal, biara dipulihkan.

Ratu Isabella dari Portugal juga dipanggil "Holy Queen" kerana ketakwaan yang luar biasa beliau dan kebenaran. The Queen juga terkenal dengan akhlak yang baik mereka adalah berdasarkan hospital, rumah anak yatim dan sekolah. Selepas kematian suaminya, Raja Dinis, beliau bersara untuk biara. Dan pada 1336 permaisuri meninggal dunia dan dikebumikan di biara di dalam kubur, dihiasi dalam gaya Gothic. Pada 1626, Ratu Isabella telah dikanunkan untuk kebajikan-Nya dan perbuatan-perbuatan yang baik.

Arkitek pertama biara adalah Domingos Domingues yang terkenal dengan kerja-kerja mengenai galeri biara Alcobaca. Dia meneruskan kerja-kerja arkitek ini Estevao Domingues, yang terkenal dengan kerja-kerja mengenai gereja galeri di Lisbon. Di 1330 pentahbisan Bait Allah, dan kemudian ke bahagian selatan gereja itu dibina sebuah biara. Biara ini sangat sering menyampaikan sumbangan wang tunai dan hadiah. Pada awal abad XVI, gereja dihiasi dengan jubin Sevillian dan dipasang mezbah baru.

Sejak biara dan gereja telah dibina di tebing kiri Mondego sungai, kemudian setahun kemudian bangunan itu telah dibanjiri lebih tebing perairan sungai. Dan selama berabad-abad biara dibanjiri banyak kali. Akibat banjir yang kerap dalam biara ia tidak mungkin menjadi, dan Raja John IV diarah meninggalkan bangunan itu dan bergerak ke sebuah biara baru - Biara Santa Clara-a-Nova, yang dibina di atas bukit dekat dengan bangunan lama. Makam dengan mayat Ratu Isabella dan orang diraja lain telah dipindahkan ke bangunan baru.

Dari masa ke masa, biara lama di runtuhan. Pada tahun 1910 bangunan itu telah disenaraikan sebagai monumen penting negara, dan beberapa kerja-kerja pembinaan semula telah dijalankan pada separuh pertama abad kedua puluh.