Di tengah-tengah Heraklion, berhampiran dengan Muzium Arkeologi adalah Muzium Battle of Crete. Muzium ini diasaskan oleh perbandaran Heraklion pada tahun 1994 dan khusus untuk mempertahankan Crete dan rintangan yang popular semasa Perang Dunia Kedua. Tujuan muzium ini adalah untuk mengumpul, melindungi dan demonstrasi peninggalan sejarah 1941-1945 betul, serta dokumentasi dan penyebaran maklumat mengenai perjuangan rakyat semasa Pertempuran Crete dan pendudukan Jerman-Itali.

Pameran muzium membentangkan beribu-ribu gambar asal, lukisan dan lukisan Battle for Crete dan rintangan popular, kira-kira 200 buku, monograf, esei peristiwa-peristiwa sejarah 1941-1945, beratus-ratus dokumen dan keratan akhbar. Muzium ini juga membentangkan pelbagai mata pelajaran yang berkaitan dengan perang: senjata, bentuk, pelbagai aksesori, barangan rumah dan banyak lagi.

Sebahagian besar daripada pameran meliputi "Battle of Crete" Mei 1941. Peperangan ini adalah salah satu yang terbesar dalam sejarah Perang Dunia II operasi udara dan juga dikenali sebagai "Operasi Mercury". Objektif utama penceroboh Jerman adalah anjakan UK dari Laut Mediterranean dan penubuhan kawalan strategik ke atas lembangan Mediterranean. Penganjur militia rakyat adalah seorang ahli arkeologi British yang bekerja untuk perisikan British, John Pendlebury. Walaupun kerugian banyak, orang-orang Jerman memenangi peperangan.

Muzium ini mempunyai pusat penyelidikan sendiri, di mana kakitangan memberi tumpuan kepada pengumpulan bahan arkib perang dari pelbagai negara (1940-1945) dan terjemahannya. Aktiviti muzium bertujuan menarik perhatian generasi muda dalam sejarah rakyat Cretan dan kesedaran kuasa pemusnah perang.