Gereja Katolik di San Francisco terletak di tengah-tengah La Serena. Gereja ini adalah struktur akhir abad XVI.

Pada tahun 1563, di La Serena diselesaikan sami Franciscan. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda dibina di tempat ini sebuah gereja adobe. Pada awal 1585 Fray Francisco Madinah dan Juan Francisco Roman Carbury kami memulakan pembinaan bangunan gereja semasa batu kapur dalam gaya Renaissance Itali. Ketebalan dinding bangunan itu mencapai 1, 20 m. Pembinaannya adalah sukar dan mahal, kerana batu kapur yang dibawa dari Penyulas Alto dan dari hutan Oval. Gereja St. Francis adalah gereja batu pertama La Serena dan telah ditahbiskan pada Hari Krismas 1627 atas nama Our Lady of Good Hope.

Pada abad XVII bandar La Serena telah mengalami beberapa serangan oleh corsairs. Dalam serangan ke atas kota lanun yang diketuai oleh Inggeris Bartholomew Sharpe di 1680, ia telah memusnahkan kebanyakan bandar di samping Gereja San Francisco. Gempa bumi di 1730 bangunan gereja hampir tidak rosak, kecuali bumbung, ubahsuai di mana telah disiapkan hanya pada tahun 1755. Pada tahun 1735 gereja telah membuka sebuah biara dan sebuah kolej untuk melatih sami-sami. Dia bekerja sehingga gempa bumi yang dahsyat akan datang tahun 1796, di mana sebahagian daripada menara itu runtuh, meninggalkan pembinaan gereja dan biara tidak sesuai untuk perkhidmatan ini. Pada tahun 1823, kumpulan Franciscan telah diusir dan harta benda mereka dirampas.

Pada separuh pertama abad XIX itu, berkaitan dengan penemuan perlombongan tembaga di biara mula bekerja Mint Coquimbo, tetapi projek ini tidak kekal lama. Oleh 1840 struktur biara telah digunakan sebagai berek tentera. Semasa pertempuran di pengepungan La Serena pada tahun 1851, menara gereja telah rosak teruk. Pada tahun 1858 bangunan itu sekali lagi dipulihkan sami Franciscan.

Pada tahun 1878, gereja telah melalui beberapa pengubahsuaian: beberapa tingkat telah dirobohkan, gereja mula terdiri daripada tiga Naves dipisahkan oleh arked, muka bangunan itu berubah, terdapat tiga input yang seimbang dalam gaya Neo-Renaissance. Gereja diubahsuai dibuka 1 Oktober 1899.

Pada tahun 1913, menara dan plesteran muka bangunan gereja sekali lagi musnah semasa gempa bumi itu. Pada tahun 1923 beliau membina sebuah menara gereja baru, kali ini diperbuat daripada konkrit bertetulang. Pada tahun 1975, selepas gempa bumi yang kuat, kerana keadaan yang sangat miskin bangunan itu terpaksa menutup gereja. Pada tahun 1977 dia membuka separuh hadapan gereja untuk setia di seluruh bangunan itu terus menjalankan kerja-kerja pemulihan ke atas pemulihan bahagian asal menara, dinding dan siling, yang wujud sehingga pertengahan abad XIX itu. Dalam sacristy ia membuka sebuah muzium seni agama dan plat gereja.

Gereja San Francisco, telah diisytiharkan sebagai monumen kebangsaan Chile pada tahun 1977.