Gereja San Sebastian terletak di puncak bukit, berhampiran pasar ikan, di bahagian utara bandar lama Lagos. Dari lokasi ini menawarkan pemandangan panoramik teluk. Gereja ini dianggap salah satu gereja tertua dan paling indah di bandar.

Malah sebelum gereja telah dibina di tempat ini pada tahun 1325 adalah sebuah gereja Immaculate Conception Blessed Virgin Mary. Pada 1463, Bishop João de Mello telah dilakukan bahawa di tempat ini sebuah gereja telah dibina. Pada 1490, melalui perintah Raja Portugal, Don João II, kita sekali lagi menjalankan kerja-kerja pembinaan semula, dan gereja telah dilanjutkan. Selepas itu, gereja telah ditahbiskan sebagai Gereja San Sebastian (Gereja Saint Sebastian). Malangnya, seperti yang telah berlaku dengan banyak bangunan bersejarah di Portugal, gereja telah hampir musnah semasa gempa bumi Lisbon pada tahun 1755. Gereja ini telah sembuh, sehingga dua abad kemudian, gereja sekali lagi dihancurkan oleh gempa bumi yang berlaku pada tahun 1969. Dari masa ke masa, gereja sekali lagi dipulihkan.

Di dalam gereja tiga Naves dipisahkan oleh tiang-tiang Doric. Altar utama asal gereja bermula sejak abad ke-XVI itu. Altar terdiri daripada empat panel. Ia dijangka bahawa panel ini dicipta salah seorang artis yang paling terkenal daripada Algarve pada abad XVI Alvaro Dias. Gereja ini disimpan pelan lama di bandar ini. Pada tahun 1828, gereja mempunyai menara loceng.

Pada tahun 1924, gereja San Sebastian telah disenaraikan sebagai monumen penting negara.