Dalam sejarah Jepun masa apabila raja-raja digemari penyebaran agama Kristian, dan tempoh apabila dibawa dari doktrin luar negara dibuktikan dalam kehinaan, dan pengikut-pengikutnya telah dianiaya. Dalam XV dan XVI abad, Kristian merebak dengan cepat di kepulauan Nusantara, tetapi pada akhir abad XVI telah diharamkan, dan orang-orang Jepun yang diamalkan secara rahsia. Penduduk di Nagasaki terpaksa setiap tahun untuk membuktikan bahawa mereka bukan Kristian. Untuk melakukan ini mereka ditawarkan untuk melanggar imej Yesus Kristus dan Ibu Tuhan, dan upacara ini, maka mereka mesti melepasi sehingga pertengahan abad XIX itu. Secara umum, Kristian diharamkan di Jepun sebanyak dua setengah abad, pada masa ini telah dilaksanakan, diseksa atau diusir beribu-ribu orang yang menganut agama Islam.

5 Feb 1597 di Nagasaki telah umum dilaksanakan untuk kerja-kerja dakwah 26 orang, antaranya 20 adalah Jepun, empat orang Sepanyol, dan juga Mexico dan India. Dengan perintah shogun kemudian bertahan Toyotomi Hideyoshi ditangkap Kristian telah diseksa, kemudian dimasukkan ke dalam Nagasaki dan telah disalibkan di kayu salib yang didirikan di atas sebuah bukit Nisidzaka. Selepas pelaksanaan mangsa menjadi syahid sebagai orang-orang kudus membaca dan mengenali mereka masa lapang yang berbeza. Seratus tahun selepas pengisytiharan wali pada tahun 1962 di atas bukit membuka monumen dan muzium. 6 Februari Gereja Katolik di Jepun meraikan memori mereka.

Muzium ini mengandungi dokumen sejarah penting yang dibawa dari Eropah dan terdiri di Jepun, tempoh karya seni Kristian awal di Jepun. Pameran kronologi membiasakan pengunjung dengan tempoh awal agama Kristian, pada masa-masa penganiayaan Kristian dan kehidupan Katolik rahsia dalam tempoh negeri pengasingan diri.

Pada masa ini, agama Kristian ialah salah satu dari agama-agama utama di Jepun selepas agama Buddha dan Shinto. Pada awal abad XXI, terdapat kira-kira 2, 5 juta orang Kristian, kebanyakannya Katolik.