Muzium Arkeologi Osijek ditubuhkan pada tahun 1877 dan dikenali sebagai Muzium bandar diraja bebas Osijek. Muzium ini ditubuhkan pada inisiatif dan kepada sumbangan (koleksi numismatik, koleksi senjata lama dan sastera) saudagar Franjo Sedlakovicha. Pada tahun 1878, kurator pertama muzium telah dilantik Andrei Kodrik. Dalam dekad pertama muzium dipenuhi sepenuhnya oleh sumbangan daripada warga kaya terkemuka dan bandar Osijek, termasuk Franjo Sedlakovich Carl Nuber, Josip Juraj Strossmayer, Emerick Hilda dan Dr. Karl Kollich. Koleksi ini telah dan masih sumbangan terbesar dalam sejarah muzium.

Salah satu kurator terkenal adalah Vjekoslav Celestin - kurator muzium sejak 1893. Beliau bekerja di muzium berusia hampir 43 tahun, adalah seorang pekerja yang rajin dan profesional. Ini mengesahkan fakta bahawa beliau dikenali muzium di Croatia dan di luar negara. Dia melakukan kebanyakan kerja: bimbang tentang penyiapan dan penyampaian koleksi muzium itu, yang dijalankan kajian semula sistematik dokumentasi, bermula dari tapak arkeologi dan berakhir bahan etnografi. Celestine untuk kerja-kerja yang betul dianggap salah seorang pengasas muzium. Pada akhir tempoh kurator pada tahun 1933 beliau mengasaskan Persatuan Kelab Arkeologi "Moores" (dalam tahun 1937, ia telah ditukar nama kepada Persatuan Friends of Antiquities "Moores"), yang merupakan satu sumbangan yang penting kepada kerja-kerja muzium.

Muzium sepanjang sejarahnya sering berubah lokasi. Dan sejak tahun 1946, dan hingga ke hari ini, ia adalah di Osijek Citadel - bekas Majlis Bandaraya.

Semasa perang, muzium ini telah rosak teruk, tetapi mujurlah, keseluruhan koleksi kekal hampir tidak disentuh. Kerosakan paling teruk adalah disebabkan oleh pengumpulan hujan dan penyimpanan yang tidak wajar. Pameran tetap dibawa ke tempat yang selamat. Tetapi semasa serangan yang berterusan, kerja-kerja muzium telah digantung. Pada tahun 1994, muzium ini telah diberi status institusi negara.