Universiti pertama di Pécs muncul pada 1367 sebagai salah satu yang tertua di Eropah Tengah Raja Louis the Great, dia pergi di bawah semasa pendudukan Turki. Pada tahun 1921 bekas University Hungary di Bratislava (ia Bratislava, Hungary. Pozsony) berpindah ke Pécs, Janus Pannonius adalah Universiti rezultatom1982 (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Universiti pertama ditubuhkan pada Pécs oleh Louis I dari Hungary pada 1367. Setelah wujud sebagai pusat pendidikan bersepadu untuk beberapa dekad, di pertengahan abad ke-15 ia telah dibahagikan kepada dua buah sekolah - undang-undang dan teologi. Semasa pendudukan Turki universiti itu ditutup dan dibuka hanya pada tahun 1785, apabila Joseph II berpindah Royal Academy of Gyor, Pecs. Pada tahun 1802, Royal Academy datang di Gyor atas arahan Francis I, dan institusi pengajian tinggi di Pec tidak sehingga tahun 1833, apabila biskop Pécs bawah naungan Senat bandar yang diasaskan pada Pec Academy dengan fakulti undang-undang dan falsafah.

  Universiti moden Pécs ditubuhkan pada tahun 1912 dan pada asalnya terletak di Pozsony (kini Bratislava). Selepas Perang Dunia Pozsony adalah aneksirovan dari Hungary, dan pada tahun 1921 berpindah ke Universiti di Pecs, di mana ia kekal hingga ke hari ini. Pada tahun 1951, Fakulti Perubatan Universiti telah dipisahkan, dan sehingga 2000 merupakan institusi yang berasingan. Pada tahun 1982, Universiti dinamakan sempena Janus Pannonius. Ini Universiti Pécs telah ditubuhkan pada 1 Januari 2000 melalui penggabungan Janus Pannonius Universiti, Universiti Perubatan dan Maktab Perguruan.