Zoo dan Muzium Alam Semula Jadi di Split disumbangkan ke bandar kerana awal abad XX, beberapa koleksi semula jadi berharga. Profesor Umberto Dzhirometta pada tahun 1923 menimbulkan persoalan tentang penciptaan Muzium Sejarah Semula Jadi. Majlis bandar Split mengambil perkara itu kepada Mengkaji dan pada tahun 1924 mengasaskan muzium pertama dan Dzhirometta menjadi pemimpin sehingga kematiannya pada tahun 1939.

Pada tahun-tahun pertama kewujudannya, muzium ini terletak di salah satu bangunan perbandaran di pusat bandar. Tidak lama lagi ruang yang tidak mencukupi, dan muzium telah dipindahkan ke salah satu bangunan taman Marjan ini. Bersama-sama dengan muzium ini dibuka zoo kecil, mewakili beberapa spesies haiwan asli dan eksotik. Bagi yang pertama di bekas Yugoslavia Akuarium bersebelahan dengan bangunan muzium telah dibina ruang tambahan. Beberapa tahun kemudian, Oceanarium telah ditutup dan ditukar ke dalam sangkar kecil. Hari ini di Zoo Split mempunyai lebih 300 spesies haiwan.

Bangunan di taman Marjan pada permusuhan pada tahun 1991 telah ditutup atas sebab-sebab keselamatan. Kemudian, muzium ini berpindah ke Gripe kubu, dan selepas 1997 beliau kembali ke Marian. Selepas 2000, atas permintaan pekerja untuk keperluan Muzium telah diperuntukkan ruang baru, dengan keluasan kira-kira 1156 meter persegi, di mana Muzium memulakan kerja pada Januari 2002.

Sebelum pembukaan pengarah baru muzium itu telah disusun semula koleksi muzium dan menceritakan beberapa pendedahan baru (contohnya, koleksi haiwan disumbat dan burung, jabatan geologi dan paleontologi, entomologi, Jabatan vertebrata dan invertebrata, dll). Turut dijalankan kerja-kerja pemprosesan dan sistematisasi pameran, kerja lapangan di bahagian tengah Dalmatia, pelbagai pameran di muzium dan di luar. Di samping itu, kakitangan muzium yang terlibat dalam pelbagai persidangan saintifik.

Di tingkat bawah muzium menjadi tuan rumah pelbagai pameran, dan di tingkat lain menempatkan pameran tetap. Sesiapa sahaja boleh membeli muzium bahan tambahan mengenai sejarah muzium dan sejarah semulajadi tempatan.