Pada akhir abad ke-19, peningkatan dalam bilangan penduduk Ortodoks diperlukan pembinaan sebuah gereja Ortodoks baru. Yang sedia ada pada masa gereja Transfigurasi itu menjadi kecil untuk peningkatan jumlah umat, dan juga lokasi tidak begitu selesa. Prince Sergey Shakhovskoy, yang pada tahun 1885 telah dilantik sebagai gabenor Estonia, telah memulakan pembinaan sebuah gereja Ortodoks dan menerima kebenaran untuk mengumpul dana untuk merealisasikan idea ini. Derma yang diterima untuk pembinaan di sini dari seluruh Rusia. Hasilnya, 15 September, 1899 telah dikumpulkan dana yang mencukupi untuk pembinaan kuil.

Katedral memutuskan untuk mendedikasikan Kudus Putera Alexander Nevsky, selepas menyelamat luar biasa Tsar Alexander III dan keluarganya ketika kemalangan kereta api yang dahsyat yang berlaku pada 17 Oktober 1888. Dengan berhati-hati memilih tempat untuk pembinaan gereja masa depan. Daripada lapan pilihan yang dicadangkan berhenti di hadapan istana gabenor di Vyshgorod. Pada bulan Ogos 1893, satu majlis dengan penuh pentahbisan tempat itu untuk masa depan katedral. Pada majlis itu ia telah dibawa ke ikon ajaib Dormition Ibu Allah, yang disampaikan dari Pühtitsa biara.

Projek ini menghasilkan ahli akademik seni bina daripada Katedral Mikhail Kalashnikov Transfigurasi, seorang pakar dalam bangunan gereja, ahli St. Petersburg Akademi Seni .  Pada mulanya, projek itu melibatkan pemasangan iconostasis marmar, tetapi semasa pembinaan ia telah memutuskan untuk menggantikan pada hujungnya kayu .  Ikon telah ditulis di dalam akademik lukisan studio Alexander Nikanorovich Novoskoltseva .  Menurut lakaran beliau Petersburg Master Emil Karlovich Shteinke dibuat tingkap kaca berwarna yang dipasang di tingkap gereja altar utama .  Bell dihasilkan di St Petersburg pada saudagar loji menara loceng Vasily Mikhailovich Orlov .  Deringan loceng gereja ialah 11 .  Loceng membuang imej dan tulisan yang berbeza .  Hasilnya ialah pembinaan trehprestoly kuil yang dibuat kepada model Moscow gereja abad ke-17, boleh menampung kira-kira 1,500 orang .  Muka bangunan gereja dihiasi dengan mozek, yang dibuat oleh ahli akademik seni bina A . H . Frolov . 

Upacara pentahbisan gereja atas nama Alexander Nevsky telah diadakan April 30, 1900, yang telah dijalankan Agafangel karunia-Nya, Biskop Riga dan Mitava. Majlis ini turut dihadiri St. hak. kira-kira. John of Saint Petersburg.

Pada awal 20-an, ia telah memutuskan untuk merobohkan kuil itu sebagai "sebuah monumen kepada keganasan Rusia." Estonia telah pun mula mengumpul dana bagi pelaksanaan keputusan ini. Pada akhir 1928 rang undang-undang telah diperkenalkan untuk merobohkan Katedral St. Alexander Nevsky. Kuil berjaya mempertahankan kuasa-kuasa masyarakat Ortodoks global. Semasa Perang Dunia II, gereja telah ditutup, dan dibesarkan lagi persoalan perobohan.

Dalam 60 tahun gereja ini akan ditukar bawah planetarium. Dari pembinaan semula, kuil Alexander Nevsky itu berjaya menyelamatkan Bishop muda Tallinn dan Estonia Alexy, Patriarch masa depan Moscow dan Semua Rusia Alexy II. Pada tahun 1999, sebagai tanda perlindungan khas Tallinn Katedral Alexander Nevsky diberikan status Stavropegic, yang bermaksud penaklukan langsung gereja, Patriarch Moscow dan Semua Rusia. Hari-hari ini tindakan dan Cathedral dibuka setiap hari dari 8 hingga 9 jam.