Legenda kuno memberitahu bahawa pada 1364 bangsawan Lithuania bernama Goshtautas dijemput untuk 14 biarawan Franciscan dan memberikan mereka rumah supaya mereka dapat menetap di negara ini. Apabila Goshtautasa kiri, semua sami-sami telah dibunuh. Beberapa ketika kemudian, bangsawan Jemput sami Franciscan. Sami baru ia menetap di tempat lain, dan tempat sami dibunuh, beliau membina sebuah gereja, dinamakan sebagai penghormatan kepada Holy Cross.

Pada tahun 1524 gereja dibakar. Pada tahun 1635 di tempat ini diselesaikan imam Bonifratrzy. Mereka memulakan kerja mereka dengan, membina sebuah gereja baru Salib Suci, yang diasaskan berhampiran biara nama yang sama dan dibuka di hospital biara. Kemudian, hospital itu bertukar menjadi tempat perlindungan untuk pesakit mental. Gereja Goshtautasa Katolik itu telah diperuntukkan premis biara. Hospital psikiatri dikendalikan di sini sehingga tahun 1903, apabila ia telah berpindah ke bangunan baru yang dibina khusus untuk hospital psikiatri.

Pada 1737 sebuah gereja dibakar lagi. Pada 1748 gereja telah diubahsuai, kawasan pedalaman telah dibaiki, enam mezbah dibina dan Jabatan Kost'ol'na dipasang dibina dalam gaya Baroque. Dihiasi hanya muka bangunan Baroque dan pembinaan biara. Walaupun selepas pemulihan bahagian luar bangunan dan terdapat unsur Rococo. Di dalam kuil berdiri megah lebih bilik batu gerbang salib luas. Gabungan yang menarik unsur-unsur senibina baroque, usang dan neo-usang.

Di kuil terdapat sumber, yang dianggap ajaib. Legenda mengatakan bahawa sumber yang muncul tiba-tiba berhampiran patung Immaculate Conception. Ini adalah tempat di mana sami-sami telah diseksa Franciscan dibunuh. Mereka mengatakan bahawa adalah terutamanya air berfaedah sumber ini pada pesakit yang mengidap penyakit mata.

Dalam gereja terdapat juga sebuah salib yang ajaib, yang dipasang di atas mezbah utama. Di bawah salib adalah imej Blessed Virgin Mary dengan kanak-kanak. Mungkin, gambaran yang dibuat pada abad ke-17, tetapi yang pasti asal-usul lukisan itu tidak diketahui. Ia juga merupakan di antara ciptaan ajaib. Salinan lukisan ajaib Blessed Virgin Mary dengan kanak-kanak, dalam bentuk lukisan dinding boleh dilihat di muka bangunan utama gereja. Ia adalah di bawah pediment melengkung, yang dibina pada 1737 antara kedua-dua menara sebelah gereja.

Antara tahun 1914 dan 1924 di gereja itu mengadakan perkhidmatan khas untuk pelajar-pelajar sekolah Lithuania. Pada ketika Vilnius telah diduduki oleh Poland, tidak dijalankan dalam perkhidmatan Bait Suci di Lithuania yazyke.V Bonifratr 1843 Pesanan telah dihapuskan, dan di tempat biara kekal hanya perwakilan mereka. Pada tahun 1909 gereja sekali lagi dibaiki. Pada akhir Perang Dunia Pertama, pada tahun 1924, Bishop Jurgis Matulaitis Bonifratr dijemput untuk kembali ke biara Holy Cross. Pulangan daripada sami di biara itu sangat tepat pada masanya. Mereka dibaiki gereja, mendirikan enam mezbah-mezbah di sana. Mereka juga diadakan di biara tempat perlindungan untuk warga tua dan dapur sup untuk orang-orang miskin "Caritas".

Pada awal Perang Dunia II, saudara-saudara dari Vilna telah ditarik balik Bonifratrzy Order. Pada tahun 1947, biara terlindung oleh adik-beradik jemaah "Immaculate Conception Blessed Virgin Mary." Walau bagaimanapun, mereka dikuasai oleh kekal lama. Berkuasa Soviet ditutup pada tahun 1949 dan biara dan gereja. Bangunan-bangunan biara terletak pangsapuri kediaman.

Pada tahun 1976, kuil itu telah dipulihkan dan disusun di dalamnya Dewan Konsert Vilnius Philharmonic, apa yang dikenali sebagai "Dewan Kecil dari Baroque." Terdapat konsert muzik organ.

Vilnius Archbishopric mendapat kembali ke rumah-rumah mereka hanya selepas perubahan rejim pada tahun 1990. Kuil dan biara bangunan telah dipulihkan dan dipindahkan ke biarawati yang baru ditahbiskan Sisters Jemaah "Immaculate Conception Blessed Virgin Mary."