Pembinaan bangunan baru biara Santa Clara di Coimbra telah dilancarkan pada tahun 1649. Biara lama, yang dibina pada akhir abad ke XIII, telah dimusnahkan, dan ia telah memutuskan untuk membina sebuah bangunan baru untuk biarawati Perintah Santa Clara.

Projek ini telah membangunkan sami Benedictine biara dan arkitek diraja João Turriano, yang bertanggungjawab bagi pembinaan arkitek diraja Mateus do Couto. Pembinaan baru berlangsung cukup lama. Pada 1677 sebuah bangunan baru biara, yang dikenali sebagai Biara Santa Clara-a-Nova, memandu biarawati. Pada tahun 1696 gereja telah ditahbiskan.

Portal utama gereja biara dihiasi dengan kot diraja senjata, yang disokong oleh dua malaikat. Bahagian dalam gereja adalah dalam gaya Baroque. Gereja ini mempunyai satu nave, gereja yg merupakan salib yang hilang. Kapel sampingan dan gereja utama dihiasi dengan 14 altarpieces abad XVII dalam gaya "Talya dorado" - altarpieces dirangka dalam ukiran kayu dan hujungnya. Di samping itu, sebuah biara baru dipindahkan kubur dengan mayat Ratu Isabella dari Portugal, pengasas biara. Selepas kematian suaminya, Raja Dinis, Ratu berada di Coimbra biara Santa Clara sehingga beliau meninggal dunia dan dikebumikan di sana. Oleh itu, di kalangan penduduk tempatan biara ini dipanggil biara Ratu Isabella. Makam dan abu, yang diperbuat daripada perak dan kristal yang terletak berhampiran altar utama gereja. Sebelum gereja berdiri sebuah monumen kepada Ratu Isabella, oleh pemahat Antonio Teixeira Lopes pada abad XIX itu.

Pada tahun 1733 di biara biara telah dibina dalam gaya Renaissance. Pembinaan galeri ini yang bertanggungjawab bagi arkitek Hungary Carlos Mardel.