Satu lagi tarikan Cordoba - Gereja San Francisco, yang merupakan salah satu daripada apa yang dipanggil "ferdinandovskih" gereja, mendapat namanya daripada fakta bahawa mereka adalah antara gereja Kristian yang pertama dibina di Cordoba selepas penawanan semula dari Moors oleh Raja Ferdinand III. Apabila gereja itu dibina di bahagian biara abad ke-13 di San Pedro el Real. Biara, yang dipunyai oleh komuniti agama Franciscan menjadi cukup dekat dengan masa dan mempunyai pengaruh yang besar dalam kehidupan beragama di bandar ini. Adalah diketahui bahawa pada abad ke-17 terdapat hidup seratus sami, dan yang paling kemakmuran dan pengaruhnya telah dicapai pada abad ke-18. Tetapi pada abad ke-19 awal, semasa kemaraan tentera Napoleon biara telah dimusnahkan, dan gereja San Francisco ajaib terselamat.

Asalnya dicipta dalam gaya Gothic, hari ini pembinaan gereja San Francisco hanya sebahagiannya menyerupai struktur asal. Sepanjang abad ke-18 bangunan yang telah dipulihkan beberapa kali dan muka bangunan terdapat banyak unsur-unsur Baroque, berubah rupa dengan ketara zaman pertengahan gereja.

Hari ini, Gereja San Francisco bukan sahaja salah satu yang tertua, tetapi juga salah satu gereja terkaya di Cordoba. Ia mengandungi pelbagai nilai-nilai budaya yang terkumpul dari tempoh zaman pertengahan. Terdapat juga koleksi menarik lukisan oleh artis abad ke-18 Cordova. Ia memerlukan perhatian khas dan perabot antik halus, terletak di dalam premis kuil.