Muzium Wayang, terletak di bahagian barat kawasan Fatahillah itu. Muzium Wayang memberitahu pengunjung mengenai "wayang" - wayang kulit Indonesia, dalam produksi yang digunakan boneka "wayang".

Wayang kulit itu adalah meluas di pulau-pulau Jawa dan Bali. Boneka diperbuat daripada kulit kerbau, maka angka yang dilampirkan kepada batang buluh. Figurines Dalang bergerak di belakang skrin, pelakon-dalang. Selalunya dalang adalah Anas, di samping itu, dia menyanyi dan kadang-kadang menggubah plot.

Muzium ini dibina di tempat di mana pernah berdiri gereja .  Kuil ini dibina pada tahun 1640 dan dikenali sebagai Gereja Old Dutch .  Pada 1732 bangunan gereja telah dikemaskini dan ke rumah yang dikenali sebagai New Church Belanda .  Pada tahun 1808 gempa bumi memusnahkan gereja .  Kemudian, pada tahun 1912, di atas runtuhan gereja membina sebuah bangunan baru, dalam neo-Renaissance .  Pertama, bangunan ini menempatkan gudang syarikat itu «Geo Wehry & Co» .  Pada tahun 1938 bangunan yang telah dipulihkan, memberikan ciri-ciri gaya kolonial Belanda .  Kemudian, bangunan ini telah dibeli oleh masyarakat saintifik Batavia, yang berkaitan dengan isu-isu budaya dan sains di Indonesia .  Komuniti saintifik telah memindahkan dana bangunan daripada Batavia Lama, dan pada tahun 1939 terdapat sebuah muzium Batavia Lama .  Pada tahun 1957, selepas Indonesia mencapai kemerdekaan, bangunan ini diserahkan kepada Indonesia Institut Kebudayaan, dan kemudian - kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan .  Lagipun pita merah, pada tahun 1968 pentadbiran Daerah Modal Jakarta telah memutuskan untuk menubuhkan di dalam bangunan ini Muzium Wayang .  Pembukaan besar muzium berlaku pada tahun 1975 . 

Oleh kerana koleksi besar muzium, pengunjung boleh mempelajari lebih lanjut mengenai boneka wayang dan seni, seperti "bayangan teater". Di dalam muzium, anda boleh melihat kulit yang wayang (wayang kulit), wayang-Golek (teater anak patung kayu). Pada paparan dipamerkan anak patung dari negara-negara lain, seperti Malaysia, Thailand, China, Vietnam, India, Kemboja, Suriname. Selepas melawat muzium, pengunjung boleh mempelajari tentang gamelan - orkestra tradisional Indonesia.

Dari semasa ke semasa, muzium ini menunjukkan persembahan boneka wayang, serta kelas tuan untuk pembuatan mereka.