Gereja Ortodoks St. Nicholas ditubuhkan pada Lyon oleh wakil-wakil masyarakat Rusia, yang telah berhijrah ke Perancis selepas revolusi tahun 1917.

Gereja pertama, yang diasaskan pada tahun 1928, bertempat di sebuah bangunan kayu di jalan Drum. Ia dinamakan selepas wali yang terkenal, dan juga memori pukulan bersama-sama dengan keluarga Maharaja Nicholas II. Rektor pertama ialah bapa Victor (Pushkin), bekas imam regimen.

Pada tahun 1937, kuil itu mungkin disebabkan oleh kebakaran, dibakar sepenuhnya. Pemulihan beliau bermula hanya dua tahun kemudian - bagi pembinaan sebuah bangunan batu memilih lokasi baru di Rue Saint-Genevieve. Kuil menciptakan berhijrah projek Sergey Bazdereva. Pembinaan gereja telah dijalankan oleh rektor dan umat berkumpul di derma, kerja-kerja telah dijalankan pada waktu malam dan pada hujung minggu, jadi pembinaan berjalan perlahan-lahan. Malah semasa Perang Dunia Kedua, di sebalik pengeboman dan kekurangan dana, kerja-kerja itu berterusan. Dan bahagian dalam rumah itu berterusan walaupun selepas perang. Pentahbisan gereja telah berlaku pada Mei 1946.

Pada 1970-an, di dalam gereja selepas kejatuhan siling itu dibaiki. Menjelang akhir abad yang lalu, di sekitar gereja ke atas kawasan-kawasan perumahan, dan stesen metro apabila datang kepadanya telah dibuka, bilangan jemaah meningkat. Salah satu ikon gereja khusus untuk St. Irenaeus - Bishop Lyons telah mati syahid kerana iman mereka pada tahun 202.

Gereja St Nicholas di Lyon hiasan kaya adalah berbeza dan seni bina asal, tetapi ia dipanggil monumen gelombang pertama penghijrahan dan lambang kasih iman Ortodoks.

Di Lyon, terdapat lain-lain gereja-gereja Ortodoks Rusia - sebagai contoh, Gereja St John Rusia.