Gereja Mary Magdalene terletak di daerah Södermalm itu. Sejarah gereja tarikh kembali ke tahun 1350-th, apabila Raja Magnus Eriksson dengan kelulusan Paus Clement VI membina sebuah gereja kecil dan berdedikasi kepada Mary Magdalene. Kemunculan luar bangunan dalam tahun-tahun teruk didokumenkan, dan hanya yang masih ada ukiran tembaga menggambarkan gereja sebagai sebuah bangunan kecil dengan menara yang besar, mendahului dengan satu puncak tajam.

Pada awal 1520-an dibebaskan Gustav Vasa di Stockholm, dan tenteranya yang diketuai oleh Peder Fredagom berkhemah di gereja, tetapi mereka mengalami kerugian besar apabila tentera Denmark Christian II menyerang mereka dari bandar. Peristiwa ini mungkin telah menjadi salah satu daripada sebab utama mengapa Gustav Vasa memusnahkan semua gereja, biara dan gereja kecil yang mengelilingi bandar, selepas pengenalan Protestantisme pada tahun 1527, termasuk Gereja Kecil Mary Magdalene. Walau bagaimanapun, puteranya, Raja John III, memulakan pembinaan sebuah gereja baru di atas tapak gereja pada tahun 1588. Walau bagaimanapun, beliau meninggal dunia pada 1592 memberhentikan kerja pembinaan yang sedang dilaksanakan, dan gereja masih belum selesai sehingga 1634.

Arkitek Nikodemus Tessin Elder dan Tessin Jr. mengambil alih pembinaan yang berterusan dan membina gereja barok. Ini menara, yang dianggap yang paling indah di Stockholm, musnah dalam kebakaran pada 1759 yang turut memusnahkan 300 bangunan lain di kawasan itu. Carl Johan Cronstedt telah ditugaskan untuk memulihkan gereja, dan projek itu telah disiapkan pada 1763. Ia telah mengekalkan banyak reka bentuk asal. Pemulihan bahagian dalam Gereja Mary Magdalene telah diadakan pada tahun 1927, tahun yang sama ada telah ditubuhkan badan yang pertama, kedua telah ditambah pada tahun 1986.