University of Zagreb adalah yang tertua bukan sahaja di Croatia, tetapi juga di Tenggara Eropah. Tarikh asas rasminya dianggap September 23, 1669, apabila maharaja Rom dan raja Hungary-Bahasa Leopold I mengeluarkan undang-undang mengiktiraf keistimewaan dan status universiti institusi pendidikan daripada bekas Akademi Jesuit, yang beroperasi di wilayah bandar bebas diraja Zagreb, bekas ibu negara Kerajaan Croatia dan Slavonia. Tarikh ini adalah permulaan sejarah University of Zagreb dalam perjuangan mereka untuk melaksanakan hak-hak yang diterima dan untuk mendapatkan tempat yang layak di kalangan berwibawa dan wakil universiti dan akademi di Eropah Tengah.

Sejarah Universiti Zagreb dalam bentuk moden bermula dengan biskop inisiatif dzhyakovskogo dan penaung terkemuka Croatia Josip Juraj Strossmayer, apabila beliau pada tahun 1861 mencadangkan untuk menganjurkan universiti empat fakulti: perubatan, teologi, falsafah dan undang-undang. Cadangan itu dipertimbangkan untuk beberapa tahun, dan pada tahun 1874 Croatia Parlimen menerima pakai inisiatif dan mengeluarkan perintah "Pada universiti." Pada tahun yang sama universiti itu menukar namanya dan dikenali sebagai universiti moden di Zagreb.

Sejak tahun 1990 Universiti telah menerima autonomi yang lebih besar, pada masa yang sama mula penerimaan kepada proses Bologna.